Geneesmiddelenbewaking (farmacovigilantie) is een wettelijke taak van het CBG. De collega's van GMB bewaken namens het CBG continu de baten-risico balans van geneesmiddelen door het opsporen, beoordelen, begrijpen en minimaliseren van bijwerkingen (schadelijke effecten) bij het gebruik van geneesmiddelen. Daarnaast stimuleren ze een correct en veilig gebruik van geneesmiddelen. Hiervoor beoordeelt GMB farmacovigilantiedossiers, bij nieuwe aanvragen of bij wijzigingen die onderdeel uitmaken van het reguliere humane beoordelingsproces voor de verschillende types procedures. (nationaal, MRP/DCP, centraal).

De afdeling kan zo nodig gebruik maken van de expertise die aanwezig is bij universiteiten. Er wordt intensief contact onderhouden met het Nederlands Bijwerkingen Centrum Lareb dat voortdurend met behulp van haar databank en die van de EU nagaat of er mogelijk een veiligheidsprobleem met een geneesmiddel is. Bij een vermeend signaal wordt overleg gevoerd over de te nemen stappen.